Впервые создана в 1737 под командованием вице-адмирала Н. А. Сенявина. Состояла из мелких судов и поддерживала русские войска во время русско-турецких войн 18 в., просуществовала до 1789.
В марте 1919 для содействия Красной Армии в боях с петлюровцами и белогвардейцами на Днепре создано несколько отрядов судов, объединённых в августе 1919 в Д. в. ф., которая успешно участвовала в боях и особенно отличилась во время Киевской операции 1920 (См.
Киевская операция 1920); в том же году расформирована.
В октября 1925 в Киеве создан отряд судов, переформированный в июне 1931 в Д. в. ф., которая в 1939 участвовала в освободительном походе в Западную Украину и Западную Белоруссию. В июне 1940 расформирована и её корабли вошли в состав Дунайской военной флотилии и вновь созданной Пинской военной флотилии (командующий контр-адмирал Д. Д. Рогачёв), имевшей в своём составе 17 мониторов и канонерских лодок, 22 бронекатера, 19 сторожевых кораблей и др. В начале Великой Отечественной войны 1941-45 Пинская флотилия приняла активное участие в боевых действиях в Полесье, под Бобруйском, Гомелем, Кременчугом и в обороне Киева. Большинство кораблей флотилии погибло в боях, остальные были взорваны в сентябре 1941. После выхода советских войск на Днепр в сентябре 1943 Д. в. ф. была воссоздана (командующий капитан 1-го ранга В. В. Григорьев) и с октября 1943 действовала на рр. Припять, Березина, Днепр, Западный Буг, Висла, Одер и Шпре, поддерживая огнём сухопутные войска, высаживая десанты, обеспечивая переправы. К началу 1945 насчитывала около 130 кораблей (в том числе 6 канонерских лодок, 34 бронекатера, 16 сторожевых кораблей, 4 миномётных катера, 9 плавучих батарей). Награждена орденом Красного Знамени (1944) и орденом Ушакова 1-й степени (1945). После войны расформирована.
Лит.: Вьюненко Н. П., Мордвинов Р. Н., Военные флотилии в Великой Отечественной войне, М., 1957; Локтионов И. И., Пинская и Днепровская флотилии в Великой Отечественной войне, М., 1958.